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蜜蜂球囊菌基因结构优化及新基因鉴定


澳门新葡亰平台官网   发布时间: 2019-04-06   信息员:  


蜜蜂球囊菌基因结构优化及新基因鉴定.pdf


编辑郭睿,陈华枝,童新宇,熊翠玲,郑燕珍,付中民,解彦玲,王海朋,赵红霞,陈大福


摘要:为补充和完善蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis基因组序列和功能注释信息,本研究利用RNA-seq技术对球囊菌菌丝和孢子进行深度测序,并基于高质量的转录组数据对已注释基因进行结构优化,对未注释基因进行预测、鉴定和分析。将测序得到的有效读段进行参考基因组比对和转录本重构;利用CuffcompareApp将重构转录本与参考基因组进行比对。结果表明:共对101个已注释基因的5端或3端进行了延长;共鉴定出373个新基因,随机挑选10个新基因进行RT-PCR验证,其中8个能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的多数新基因真实存在;共计147个球囊菌新基因可注释到NreggNOG数据库中,85个新基因注释到29GO条目,66个新基因注释到33条代谢通路。本研究结果补充了球囊菌的基因结构和功能注释信息,也为新基因的功能研究打下了初步基础。


关键词:蜜蜂球囊菌;转录组;已注释基因;结构优化;新基因


发表信息:中国农业大学学报,2019,24(01):61-68

  



 
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