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意大利蜜蜂幼虫肠道的miRNAs的生物信息学预测及分析


澳门新葡亰平台官网   发布时间: 2019-04-06   信息员:  


意大利蜜蜂幼虫肠道的miRNAs的生物信息学预测及分析.pdf


编辑熊翠玲**,杜宇**陈大福,郑燕珍,付中民,王海朋,耿四海,陈华枝,周丁丁,吴素珍,石彩云,郭睿***


摘要【目的】蜜蜂肠道是食物消化和营养吸取的主要部位,同时也是抵御病原侵染的重要场所。本研究旨在对意大利蜜蜂Apismelliferaligustica(简称意蜂)幼虫肠道的microRNAsmiRNAs)及其靶基因进行深入分析,进而解析miRNAs在幼虫肠道发育和生长过程中的作用。【方法】利用smallRNA-seqsRNA-seq)技术对意蜂456日龄幼虫肠道进行测序,通过相关生物信息学App对意蜂幼虫肠道的miRNAs进行预测及分析。利用TargetFinderApp预测miRNAs的靶基因,然后将靶基因通过BLASTApp进行GOKEGG数据库的功能注释。利用CytoscapeApp构建miRNAs与其靶向结合的mRNAs的调控网络。【结果】意蜂幼虫肠道样品的测序共获得96329456条有效标签序列(Cleantags),预测出560miRNAs,包括45novelmiRNAs。上述miRNAs的长度主要分布在17-27nt之间,且不同长度的miRNAs的首位碱基偏向性具有明显差异。表达量聚类分析结果显示,331miRNAs456日龄幼虫肠道所共有且表达量较为稳定,随着发育时间延长,特有miRNAs的表达水平呈总体增加的趋势。利用TargetFinderApp共预测出16479个意蜂幼虫肠道的靶基因,其中有81323361个可分别注释到GOKEGG数据库,进一步分析发现有224个靶基因注释在Wnt信号通路,分别有2个和27个靶基因与保幼激素和蜕皮激素的调控密切相关。【结论】本研究在全基因组水平对意蜂幼虫肠道的miRNAs进行预测和分析,研究结果不仅丰富了意蜂的miRNAs信息,也为深入研究意蜂幼虫肠道的生长发育机理打下了初步基础。


关键词:意大利蜜蜂,幼虫肠道,生长发育,微小RNA,靶基因


发表信息:应用昆虫学报,2018,55(06):1023-1033



 
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