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蜜蜂球囊菌的参考转录组 de novo 组装及SSR 分子标记开发


澳门新葡亰平台官网   发布时间: 2018-10-29   信息员:  


蜜蜂球囊菌的参考转录组de novo组装及SSR分子标记开发.pdf


编辑:张曌楠#,熊翠玲#,徐细建,黄枳腱,郑燕珍,骆群,刘敏,

      李汶东,童新宇,张琦,梁勤,郭睿*,陈大福*


摘要:【目的】通过NA seq 技术对纯培养的蜜蜂球囊菌 Ascosphaera apis 孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序,de novo 组装球囊菌的参考转录组,并对其进行功能与代谢通路注释,进而基于该转录组数据开发球囊菌的 SS分子标记。【方法】首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子,配制含 1 ×10 7 孢子/mL 的饲料饲喂45 6 日龄的意大利蜜蜂 Apis mellifera ligustica 幼虫和中华蜜蜂 Apis cerana cerana 幼虫,通过 Illumina HiSeq TM 2500 平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序,原始数据过滤后通过 Trinity App组装得到 unigenes,进而通过 BLASTX 比对 NCBI NrSwiss-ProtKOG  KEGG 数据库对 unigenes 进行功能与代谢通路注释。利用 MISAApp对所有 unigenes 进行 SS搜索,并利用 Primer Premier 5 App设计 SS特异性引物,通过 PCR对不同来源的球囊菌 SS位点进行扩增。【结果】本研究共获得 146 135 308 条高质量 readsdenovo 组装得到42 609  unigenesBLASTX 比对结果显示,29 316  unigenes 在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释。注释到法夫酵母 Xanthophyllomyces dendrorhous 上的 unigenes 最多,达6 050个。KEGG 注释结果显示,unigenes 可注释到 117 个代谢通路,其中富集在核糖体(ribosome)上的 unigenes 数量最多(529)。所有 unigenes 中共预测到 7 968  SSs,通过 PC开发出 5 个球囊菌 SS分子标记。【结论】本研究成功组装球囊菌的参考转录组,并进行了功能与代谢通路注释,可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息。基于该转录组信息开发的 5  SS分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究。


关键词:蜜蜂球囊菌; 参考转录组; NA seq; 功能与代谢通路注释; SS


发表信息:昆虫学报, 2017, 60(1): 34-44


 
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