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中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的 de novo 组装及 SSR 分子标记鉴定


澳门新葡亰平台官网   发布时间: 2018-10-29   信息员:  


中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及SSR分子标记鉴定.pdf


编辑:徐细建,郭睿,骆群,熊翠玲,梁勤,张串联,郑燕珍,张楠,黄枳腱,张璐 ,李汶东,陈大福


摘要:【目的】利用 RNA seq 技术对中华蜜蜂( Apis cerana cerana ,简称中蜂)幼虫肠道参考转录组进行 de novo 组装,并进行功能及代谢通路注释,进而利用该转录组数据进行中蜂幼虫的 SSR 分子标记鉴定。【方法】实验室条件下饲养中蜂幼虫,将纯化的蜜蜂球囊菌( Ascosphaera apis ,简称球囊菌)孢子饲喂 3 日龄幼虫,剖取 45  6 日龄幼虫肠道,液氮速冻。将健康幼虫肠道与感染球囊菌的幼虫肠道同时进行 Illumina测序。通过对 raw reads 的过滤得到 clean reads,利用 Trinity App组装得到 unigenes。通过 BLASTx E-value10 ?5 )比对 NCBI NrSwiss-ProtKOG  KEGG 数据库,对 unigenes 进行功能和代谢通路注释。利用 MISAApp对所有 unigenes 进行 SSR 搜索,并利用 Primer Premier 5 App设计特异性 SSR 引物,通过常规 PCR 对来源于北京、辽宁兴城和四川成都的中蜂幼虫肠道样本进行 SSR 位点鉴定。【结果】中蜂幼虫肠道的 RNA seq 共得到 35 670 000  reads de novo 组装得到 43 557  unigenes,平均长度为 898 nt。共有 18 225  unigenes可被注释到上述公共蛋白数据库,单独注释到 NCBI NrSwiss-ProtKOG  KEGG 数据库的 unigenes 数分别为 3 89944337  10 个。KOG 注释结果显示,11 442  unigenes 分布于 25 个基因家族,其中注释到 RNA加工和修饰家族的基因数最多,达 1 249 个。9 679  unigenes  GO 分类结果显示,在生物学进程分类中,注释到细胞进程的基因最多,达 4 201 个,在分子功能和细胞组分类中,注释到结合与细胞的基因数最多,分别为 4 935  2 900 个。4 517  unigenes 可注释到 KEGG 数据库中的 216 个代谢通路,注释到核糖体的基因数最多,达 385 个。利用 MISA App,可在 7 763  unigenes 搜索到 13 448  SSR 位点,随机选取 20  SSR引物对国内 3 个不同来源的中蜂幼虫肠道样本的 SSR 位点进行扩增,有 6 对引物可鉴定出 SSR 分子标记。【结论】成功组装并注释了中蜂幼虫肠道参考转录组,可为中蜂及其幼虫的分子生物学及组学研究提供重要的参考信息,也可用于补充、丰富和检验东方蜜蜂的参考基因组,基于此转录组数据开发出 6 个中蜂的 SSR 分子标记,可应用于中蜂的基因图谱构建、基因多样性分析、基因定位等研究,也说明利用转录组数据开发非模式生物SSRs 的方法可行。


关键词RNA seq;参考转录组;中华蜜蜂;unigeneSSR


发表信息:中国农业科学, 2017, 50(6): 1157-1166.


 
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